Что лучше mendeley или zotero
Что лучше mendeley или zotero
Для чего нужны референс-менеджеры? И почему Zotero?
Дефицит времени – это обычная характерная черта работы каждого ученого. При этом, в ущерб собственно творческой работе, львиную долю времени обычно съедают чисто технические вещи, в том числе и работа с библиографией. Относительно последнего, такой класс программ как библиографические менеджеры, способны сэкономить исследователю немало времени и нервов.
Для чего нужны референс-менеджеры?
Референс-менеджеры (или библиографические менеджеры) являются программным продуктом, который призван выполнять следующие функции:
– формирование личной или интегрированной библиографии для проведения исследования;
– организация научных источников, их систематизация и комментирование;
– интеграция с текстовыми процессорами (Microsoft Word, iWorks Pages, Open Office, LaTeX, Scrivener и др.) Для автоматической генерации библиографии и ссылок;
– оформление рукописей статей, диссертаций, монографий в соответствии с требованиями различных академических стилей.
Как пишет один из украинских ученых в своем блоге : «На сегодняшний день количество референс-менеджеров переваливает за несколько десятков (например, Wiki предлагает большую статью для сравнения их функционала здесь ), каждый из которых имеет свои особенности, некоторые являются кросс-платформенными, некоторые нет, одни платные, другие бесплатные, некоторые работают в облаке, некоторые только локально. Многообразие продуктов, как известно, идет на пользу потребителю, поэтому у нас с вами появляется возможность выбрать именно то, что нам нужно. Скажу по собственному опыту: работа с референс-менеджерами позволяет полностью изменить работу над написанием академических текстов. Какие только варианты чернового оформления библиографии я не видел: ссылка в сносках с последующим ручным переводом их в «квадратные скобки»; полный текст ссылки прямо в тексте рукописи, выделенные другим цветом ссылки в примечаниях и тому подобное. Референс-менеджеры позволяют просто забыть обо всех этих сложностях. Вы просто пишете, ставите ссылку, а они делают всю работу за вас».
Почему Zotero?
«На самом деле, ответа на этот вопрос не существует. Как я уже говорил, каждый выбирает для себя тот референс-менджер, который ему больше нравится. Сейчас я в основном использую EndNote, потому что в нем удобнее редактировать шаблоны стилей цитирования (я часто цитирую источники, имеющие довольно нетипичный шаблон оформления). Для научных коллабораций, когда над одним текстом работает несколько исследователей, больше подходит Mendeley. В США и Канаде, насколько мне известно, очень популярен Papers 3. Европейские университеты и исследовательские центры, если не имеют институциональной лицензии на EndNote, как правило, используют Citavi или RefWorks. Однако в Zotero есть несколько существенных преимуществ:
– из всех референс-менеджеров, с которыми мне приходилось сталкиваться, именно Zotero является самым простым с точки зрения усвоения и удобства в использовании;
– Zotero является бесплатным (как и многие другие референс-менеджеров, которые, впрочем часто имеют существенные недостатки);
– Zotero является кросс-платформенным, он работает и на Windows, и на MacOS, и на Linux, причем везде одинаково;
– он, в отличие от подавляющего большинства референс-менеджеров, имеет украинский (и русский) интерфейс, для многих может иметь принципиальное значение».
В пользу Zotero также говорит то, что с ним интегрируется такой полезный ресурс для проверки статей с помощью цитат, как Scite, о возможностях которого можно посмотреть здесь
Возможности Zotero
«Zotero существует в двух основных форматах: как плагин для браузера и как отдельная программа, которая никоим образом к этому браузеру не привязана. Я буду говорить именно о втором варианте, поскольку он является более распространенным. Важным преимуществом Zotero также является то, что он поддерживает модификации. Для него существует огромная куча различных дополнительных модулей, которые ориентированы на специфические сценарии использования программы. Например, довольно популярна модификация Juris-M, которая «заточена» под работу с юридическими текстами. Итак, давайте знакомиться.
Как я уже писал, интерфейс Zotero довольно прост. Вот так выглядит основное окно программы после ее запуска:
Здесь есть пять основных зон: сверху находится рабочая панель с основными командами (слева направо): создание новой коллекции (то есть папки, где будут храниться ваши рефренсы), создание новой группы (для коллабораций с другими исследователями), настройка, добавление нового рефренса, «магический» поиск, добавление примечания к референсу, добавление вложения к референсу и поиск.
Слева находится ваша библиотека, которую можно организовывать с помощью коллекций и субколекций.
Прямо под панелью бибилотека – панель ключевых слов, которые привязаны вами в референсах, находящихся в выбранной на данный момент коллекции.
Прямо по центру основная зона – список рефренс. На скриншоте видно только три колонки: название, автор и голубой кружочек, который свидетельствует о наличии прикрепления к референсу какого-то документа (например, pdf-файла). Но эта зона может быть легко кастомизированная, сюда можно добавить и другие колонки, такие как тип документа, дата добавления, издатель, год публикации, заметки и тому подобное.
Наконец, справа находится панель сведений о выбранном на данный момент референсе (в нашем случае это статья Г. А. Каламкарян). Как можно увидеть на старте Zotero предлагает очень много полей, которые можно заполнить для каждого документа (на самом деле этих полей намного больше). Но для большинства референсов (например, для статьи в журнале) достаточно автора, названия, наименования журнала, номера, года и диапазона страниц. Также в этой панели можно получить доступ к тегам, примечаниям и связанным документам». Подробнее
Подробную инструкцию по работе с референс-менеджером Zotero можно посмотреть здесь
Zotero: оптимизация хранения и использования научной литературы
Не буду распространяться о преимуществах использования библиографических менеджеров. На дворе 2015 год. Тема не раз обсуждалась на Хабре.
Здесь подробно описываются все прелести использования библиографического менеджера на примере Mendeley (это один из главных конкурентов Zotero, сравнение позже в этой статье). Здесь любопытно представлена система Citavi. Вроде бы, все в ней неплохо, но платить за софт приличные деньги, когда есть прекрасные бесплатные аналоги — развлечение на любителя. Кстати, от души рекомендую почитать комментарии к этой статье — познавательнее иных опусов. Здесь автор библиографического менеджера SciRef предлагает получить программку бесплатно.
Существует огромное множество различных библиографических менеджеров (см. таблицу в подвале, источник).
Разумеется, при таком многообразии глупо говорить об одном идеальном решении. В этой статье я хочу рассказать вам о решении, которым пользуюсь и которое устраивает меня почти полностью. Как видно из названия статьи, это Zotero.
Zotero — проект с открытым исходным кодом. Программа принципиально бесплатна. Но есть один малоприятный нюанс. Zotero предлагает бесплатно онлайн хранилище лишь на 300 МБ (на практике выясняется, что это очень мало — не более 500 статей). Нет, локально можно хранить сколь угодно большую библиотеку, но если желаешь синхронизировать все в онлайн, придется платить. Именно пошаговый обход этого неприятного момента я и покажу в данной статье. Логика проста: храним библиографические описания в онлайн-хранилище Zotero, а полные тексты статей — в любом облаке.
Итак, скачать установочники можно безвозмездно с официального сайта. Zotero существует в двух вариантах: в качестве дополнения Firefox и в качестве отдельной программы. Мне лично удобнее пользоваться самостоятельной программой. Но это дело вкуса. Функционал обоих решений идентичен. При этом можно установить оба варианта параллельно, что мне кажется очень удобным: Zotero Firefox для удобства быстрого поиска и экспорта статей; Zotero Standalone для удобства работы исключительно с литературой в полноэкранном режиме. Разумеется, при таком подходе настраивать Zotero Firefox и Zotero Standalone надо одинаково (хак: если сперва настроить Standalone, то при открытии Zotero Firefox появится опция импортировать настройки). Приятно, что программа кроссплатформенна. Недавно пересел на Linux — никаких проблем с использованием библиотеки.
Из предварительных шагов осталось еще три: (1) завести учетную запись на сайте Zotero (она понадобится для синхронизации); (2) установить расширение для экспорта цитат из Google Scholar — Zotero Scholar Citations; (3) установить расширение для более тонкой работы с файлами, прикрепленными к библиографическим описаниям — Zotfile. Имеет смысл скачивать и устанавливать наиболее свежую версию Zotfile с github странички разработчика. Процесс установки описан на английском; если проще на русском, смотри спойлер ниже.
1. Скачать программу архивом. Кнопка Download zip справа
2. Распаковать архив
3. Открыть папку zotfile-master, выбрать все файлы и папки и снова заархивировать с расширением .zip
4. Переименовать полученный архив в zotfile.xpi
5. Установить. Пользователи Zotero Firefox могут просто перетащить архив в любую открытую вкладку браузера и согласиться на установку. Пользователям Zotero Standalone надо открыть программу. Дальше Tools->Add-ons->Tools for all Add-ons (кнопка справа – см. скриншот)->Install Add-on From File. Выбираем zotfile.xpi
Предварительные шаги пройдены. Осталось настроить параметры. Отправляемся в настройки. Edit-> Preferences. Открывается окно с настройками на вкладке General. Здесь из настроек я только убрал галочку с автоматического скриншота сайта, когда сохраняешь статью. Не вижу смысла засорять БД кучей мелких файлов. Впрочем, кто-то может найти эту опцию крайне полезной.
Дальше идем по вкладкам меню настроек. Sync. Тут надо ввести данные учетно записи Zotero для синхронизации библиографических описаний. Убираем галочку с Sync full-text content. Это как раз и есть опция синхронизации полных текстов статей в хранилище Zotero. Нам не интересно облако с лимитом в 300МБ.
Search. Тут надо щелкнуть по плашке, чтобы установить дополнение, которое позволяет вытаскивать полные библиографические описания из самих PDF статей. Это работает только в том случае, если опция заложена создателем файла. Но большинство современных научных издательств все делают грамотно.
Export. Пропускаем сейчас.
Cite. Очень важно. Тут надо установить интеграцию с MS Word и/или Libreoffice. В соседней дополнительной вкладке Styles можно устанавливать новые стили цитирования. Многие журналы выпускают свои стили, подогнанные до мельчайших деталей. Скачать можно тут.
Advanced. Нас интересует только дополнительная вкладка Files and Folders. Тут и кроется главная хитрость.
В первом пути указываем директорию, в которой будут храниться полные тексты статей (я ее назвал Zotero_Library). Эта директория располагается где-то в синхронизируемой части файловой системы. В моем случае это директория Jottacloud — облако, которое я использую. Во втором пути надо указать директорию, в которой будут храниться системные файлы (Zotero_System). Эту директорию желательно создавать где-то в неизменяемой части файловой системы. Ее будет перезаписывать синхронизация Zotero. Подобное разделение позволяет нам избежать конфликтов синхронизации библиографических описаний в хранилище Zotero и полных текстов статей в наше облако по выбору.
Остался последний штрих — настроить Zotfile. Идем в Tools->Add-ons и нажимаем на кнопку Preferences напротив Zotfile. Появляется окно с настройками, вкладка General Settings.
В первом пути указываем директорию, куда браузер сохраняют по умолчанию файлы. Это позволяет Zotfile автоматически прикреплять PDF только что сохраненных статей, если открыт доступ к скачиванию файла. Но это мелочь, второй путь гораздо важнее. Тут выбираем директорию, созданную для хранения полных текстов — Zotero_Library. Помечаем ниже использовать отдельные папки. /%a означает, что PDF статей будут размещаться в папки, названные в честь автора. Вариантов куча, можно ознакомиться на сайте разработчика Zotfile.
Дальше вкладка Renaming Rules. Тут нужно убедиться, что прикрепленные файлы будет переименовывать именно Zotfile. Куча настроек. Я использую стандартные — они кажутся вполне разумными.
На этом настройка завершена. Можно пользоваться.
Важный нюанс! Прикрепленные текст должен обязательно быть переименован Zotfile, иначе он не попадет в правильное хранилище в правильном виде. Не вдаваясь в подробности, приложение к библиографической карточке должно быть ссылкой на переименованный файл.
А теперь посмотрим, в чем же главна прелесть Zotero в связке с Zotfile. Вот так выглядит библиографическое описание статьи из моей библиотеки, выгруженное в формате bibtex.
Обратите внимание, что путь к файлу хардкорно прописан в самом библиографическом описании. Это значит, на каком бы компе я ни развернул свою библиотеку, мне надо только настроить все привычным образом (указать путь к локальному хранилищу) и синхронизироваться с учетной записью Zotero.
Mendeley так не умеет. Впечатлившись более эффектным интерфейсом, я недавно предпринял попытку пересесть на Mendeley, но очень быстро уперся в невозможность восстановить целостность своей БД. А вручную прикреплять тысячу PDF к библиографическим записям — работка не для слабонервных. Ниже в подвале — некоторые пункты сравнения Mendeley с Zotero, которые определили мой выбор в пользу Zotero. Сравнение не претендует на полноту: оно затрагивает только вопрос оптимального хранения всей БД литературы. При желании по запросу «Zotero VS Mendeley» Google выдаст кучу толковых статей (обращайте только внимание на возраст статей — оба проекта бурно развиваются, и многие недостатки прошлого уже устарели).
Mendeley не прописывает пути к файлам собственно в библиографическом описании. Это не позволяет с легкостью переносить БД с компьютера на компьютер (или восстанавливать ее). Фактически для бесперебойной синхронизации БД Mendeley необходимо использовать их облачное хранилище; 2 ГБ, конечно, не 300 МБ, но тоже не позволяет спокойно выбрать Mendeley. Надо понимать, что выбор библиографического менеджера желательно делать однозначно в самом начале академического пути.
Mendeley не работает без подключения к интернету. Казалось бы не велика беда — интернет сейчас везде. Но вот пописать статью в самолете с Mendeley не получится. Мелочь, а неприятно.
Есть у Mendeley и очевидные преимущества. Программа проще в установке и настройке. Есть собственные очень приличные приложения под Android и iOS. Значительно быстрее Zotero парсит метаданные из PDF статей. Есть встроенный просмотрщик PDF с возможностью быстрого выделения и аннотации. Однако все эти плюшки, на мой взгляд, не перевешивают проблем с организацией БД.
Ну и напоследок. Периодически можно вычищать все из папки Zotero_System/storage. В ней хранятся копии еще не переименованных файлов и прочий шлак. Но внимание (!), там же хранятся скриншоты, если они вам нужны.
Наслаждайтесь Zotero с облачным хранилищем любого размера!
Социальные возможности Mendeley: глобальная база данных литературы
Все статьи из персональных библиотек всех пользователей автоматически вносятся в глобальную библиографическую базу Mendeley. Между ними автоматически генерируются перекрестные ссылки по ключевым словам, отслеживается разнообразная статистика. По объему база Mendeley уже может тягаться с коммерческими «гигантами», специализирующимися на сборе статистики цитирования научной литературы, такими как Scopus или ISI Web of Knowledge.
Ключевое отличие Mendeley от того же Scopus аналогично отличию «Википедии» от энциклопедии «Британика»: база Mendeley наполняется самими пользователями на добровольных началах. Для каждой статьи доступен список похожих публикаций (генерируемый на основе ключевых слов), ссылка для скачивания, просмотр нескольких первых страниц присоединенного PDF-файла и, конечно, полная библиографическая информация в нескольких популярных форматах.
Кроме того, отображается количество читателей и их распределение по научной специализации, ученой степени и стране, хотя довольно трудно сказать, зачем эта информация может понадобиться пользователю.
В отличие от коммерческих баз, проект Mendeley не отслеживает цитирования одних статей другими и, соответственно, не позволяет рассчитать «индекс цитирования» для статьи или ее автора.
Mendeley и Zotero выглядят как браться-близнецы, отличающиеся только деталями реализации. То, что реализовано хорошо в одной системе, выглядит несколько хуже в другой и наоборот. Обе системы могут свободно обмениваться информацией, экспортируя ее в универсальные форматы RIS или BibTeX, а также используя автоматический экспорт из локальной базы Zotero. Поскольку функциональность у обеих систем практически идентична, то проще проанализировать их недостатки. Из существенных недостатков Zotero выделю следующие:
— Сложная инсталляция из-за проблем с открытой реализацией Java.
— Жесткая привязка к браузеру Firefox.
— Вставка нескольких цитат в текстовый редактор реализована неудачно.
— Всего 100 Мб бесплатного хранилища, что не позволяет синхронизировать сколько-нибудь большие коллекции статей в формате PDF.
— Извлечение данных из документов в формате PDF и их индексация требует установки дополнительных пакетов.
У системы Mendeley свои недостатки:
— Принципиально отсутствуют вложенные коллекции.
— Бедная функциональность и крайне непрезентабельный внешний вид плагина к текстовым редакторам.
— Импорт из интернета реализован на стороне сервера, что требует постоянной синхронизации вручную.
— Нет отдельных хранилищ для файлов и ссылок. Исчерпав дисковую квоту на сервере, нельзя добавлять новые цитаты даже без прикрепленных файлов.
Как видно, претензии к Zotero носят в основном «технологический» характер. Единственным существенным недостатком в функциональности является откровенно странный диалог вставки цитат в документы. А вот Mendeley при очень хорошей технической реализации грешит именно функциональными недостатками. Например, отсутствие вложенных коллекций трудно назвать иначе, чем грубой недоработкой. Похоже, что для разработчиков Mendeley действительно первична функция социальной сети и базы данных научной литературы, наполняемой по принципу вики, а функции «классического» локального менеджера библиографии вторичны. В Zotero, наоборот, больше внимания уделяется именно вставке цитат в документы и локальному клиенту, а социальная сеть существует как удобное дополнение.
Mendeley Desktop незаменим для «разбора завалов» PDF-документов, тогда как Zotero не умеет импортировать и сканировать их автоматически (это можно сделать вручную в два этапа: сначала импортировать ссылки на локальные документы, а потом вызвать сканирование метаданных из контекстного меню). Функции аннотирования PDF-документов и синхронизации аннотаций в Mendeley кажутся мне скорее рекламной «фиш-кой», чем реально востребованной функциональностью, но возможно, что они находят своих поклонников. В отличие от Zotero, Mendeley не умеет импортировать цитаты из RTF-файлов. Наконец, обе программы не имеют визуального редактора стилей, и это их общий и самый большой недостаток.
Чтобы выбрать устраивающую вас программу, лучше всего попробовать и Zotero, и Mendeley, и Bibus. Даже если ни одна из них не будет отвечать всем вашим запросам, можно пользоваться ими совместно. В любом случае свободное ПО навсегда избавит вас от работы с библиографией вручную.
Сравнение БМ
Полная таблица сравнения существующих библиографических менеджеров (их порядка 30) доступна на Wikipedia.
Центр по работе с библиографией проанализировал, какими из этих библиографических менеджеров (БМ) пользуются коллеги в НИУ ВШЭ. Оказалось, что у нас распространено 9 БМ: BibDesk, BibLaTeX, CiteULike, EndNote / EndNote Web, Jabref, Mendeley, Refworks, Papers, Zotero. Мы сравнили их функционал и технические требования и условно разделили БМ на две группы: заточенные под потребности пользователей Word (или аналог Open Office / Mac) и пользователей LaTeX. Различие функционалов приведены в двух таблицах:
В первом случае БМ устанавливается как стационарная программа. Тогда Ваша библиотека и все ее функции доступны только с Вашего компьютера.
Во втором случае БМ может создать и хранить Вашу библиотеку онлайн на своем портале. Это полезно, если Вы пользуетесь разными компьютерами или, например, не доверяете хранение библиотеки Вашему компьютеру.
Большинство БМ универсальны : их можно установить как стационарную программу на свой компьютер и синхронизировать со своим личным кабинетом на портале БМ. Для использования БМ научными группами, коллективами и структурными подразделениями необходимы универсальные БМ
Из 9 наиболее распространенных в Вышке БМ шесть доступны для всех бесплатно :
Три из наиболее распространенных в Вышке БМ платны :
ВНИМАНИЕ! Лицензии Zotero и Mendeley бесплатны. Оба БМ позволяют ими пользоваться как Вашей книжной полкой и сохраняют полные версии статей, комментарии к ним. Но эти программы имеют лимит бесплатной книжной полки.
Zotero: limited 300 Мб, далее можно купить платный upgrade.
Mendeley: limited 2 Gb.
Библиографические менеджеры
При выборе библиографического менеджера Вы можете установить стационарную программу себе на компьютер, работать онлайн, а также универсально онлайн+оффлайн.
Универсальные библиографические менеджеры Mendeley, EndNote, Zotero подходят для использования как индивидуальными пользователями, так и научными коллективами.
Справки и консультации по работе с Библиографическими менеджерами вы можете получить в Библиографическом информационном центре: Ирина Леонидовна Фарукша, телефон: 78-51-26, Faruksha@lib.tsu.ru
Mendeley (Elsevier)
Бесплатный универсальный библиографический менеджер и академическая социальная сеть. Кроме стандартного функционала библиографического менеджера Mendeley позволяет находить по спискам литературы коллег, которые цитируют те же источники, что и Вы.
Mendeley позволит вам:
• Загружать статьи непосредственно с таких платформ, как Science Direct.
• Хранить документы в личной библиотеке, а также управлять и пользоваться ими в любое время как онлайн, так и оффлайн.
• Выделять фрагменты статей, комментировать их и делиться информацией с членами своей исследовательской группы.
• Создавать библиографические списки и ссылки для Вашей новой работы одним нажатием кнопки, выбирая соответствующий стиль.
• Лимит бесплатной книжной полки: 2 Гб.
Инструкция по регистрации в ResearcherID (видеоролик Thomson Reuters на русском языке)
Для создания доступа в библиотеку EndNote выполните вход (воспользуйтесь учетной записью Web of Science) или зарегистрируйтесь
Создание библиотеки EndNote позволит вам:
1. Добавлять ссылки в свою библиотеку EndNoteнепосредственно из Web of Science.
2. Размещать ссылки в папках для доступа и использования их в любое время.
3. Создавать форматированный список ссылок с использованием разных стилей публикаций.
4. Получать доступ к библиотеке EndNote с любого компьютера в вашей организации.
Библиографический менеджер, который подходит как для индивидуальной, так и коллективной работы, для облачного хранения полных текстов статей в Вашей личной или коллективной библиотеке. Zotero Zotero является персональным приложением для реферирования, выполненным в виде плагина к Firefox или Chrome.
Для начала работы с программой необходимо создать учетную запись на сайте